チャンクごとに新しい IV を生成するのはなぜですか？

同じ鍵で IV を再利用すると、GCM や CTR モードでは致命的な結果になります。平文の XOR が露見するのです。チャンクごとに新しいランダム IV を生成し (暗号文と一緒に保存) して、これを防ぎます。CBC でも、IV の再利用は最初のブロックの XOR を漏らします。

復号したファイルが元と一致することはどう確認しますか？

暗号化前に元ファイルの SHA-256 ハッシュを、復号後には結果のハッシュを計算します。ハッシュが一致すれば、往復はロスレスです。改ざん検出のため、ハッシュを暗号文と一緒に保存してください。

1 回の AES 処理には大きすぎるファイルを、ストリーミングモードでチャンクごとに暗号化し、復号して元に戻します。

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大きなファイル (数百 MB〜GB クラス) では、全体をメモリに読み込んで 1 回の AES 呼び出しで処理するのは現実的ではありません。ファイルを固定サイズのチャンク (例: 1 MiB) に分け、各チャンクに固有の IV を付けて暗号化し、暗号文チャンクを連結してください。
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AES 暗号化ツール →
各チャンクについて: 鍵は (パスフレーズから) 1 回だけ導出し、チャンクごとに新しい IV を生成して暗号化し、そのチャンクの IV || 暗号文を出力します。鍵導出は 1 回で済むよう償却します。
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AES 復号ツール →
復号時は、各 IV || 暗号文チャンクを同じ鍵と IV で復号し、平文チャンクを順に連結します。
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Base64 エンコーダー →
暗号化出力をテキストセーフにする必要がある場合 (JSON やメールへの格納)、各チャンクまたは暗号文全体を Base64 でエンコードします。
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ストリーミングには GCM または CTR モードを使ってください。パディングが不要で、並列暗号化にも対応します。ECB は絶対に使わないでください。認証付きストリーミングには、チャンクごとの GCM、またはファイル全体への encrypt-then-MAC を使います。

チャンクごとに新しい IV を生成するのはなぜですか？: 同じ鍵で IV を再利用すると、GCM や CTR モードでは致命的な結果になります。平文の XOR が露見するのです。チャンクごとに新しいランダム IV を生成し (暗号文と一緒に保存) して、これを防ぎます。CBC でも、IV の再利用は最初のブロックの XOR を漏らします。
復号したファイルが元と一致することはどう確認しますか？: 暗号化前に元ファイルの SHA-256 ハッシュを、復号後には結果のハッシュを計算します。ハッシュが一致すれば、往復はロスレスです。改ざん検出のため、ハッシュを暗号文と一緒に保存してください。